โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ รวบรวมประเทศญี่ปุ่นในยุคเซงโงกุได้สำเร็จ และมีความทะเยอทะยานที่จะพิชิตจีน จึงส่งทูตมาโชซ็อนเพื่อขอความร่วมมือในการบุกยึดจีนในพ.ศ. 2130 โดยผ่านทางตระกูลโซเจ้าครองเกาะซึชิมา ซึ่งเป็นทางเดียวที่โชซ็อนติดต่อกับญี่ปุ่น แต่เจ้าครองเกาะเห็นว่า โชซ็อนไม่มีวันจะเข้ากับญี่ปุ่นรุกรานจีน หากส่งสาสน์ไปจะกระทบต่อความสัมพันธ์ระหว่างประเทศและการค้าที่เกาะซึชิมาพึงมี จึงเปลี่ยนแปลงเนื้อความในสารให้เป็นการทำสัมพันธไมตรีธรรมดา ใน พ.ศ. 2133 พระเจ้าซ็อนโจจึงส่งทูตไปขอบพระทัยโทโยโตมิที่เกียวโต แต่โทโยโตมิกำลังทำสงครามกับไดเมียวอื่นอยู่ ทำให้ทูตโชซ็อนต้องรออยู่หลายวัน และโทโยโตมิเข้าใจว่าทูตโชซ็อนมาส่งบรรณาการ จึงไม่ให้การต้องรับอย่างสมเกียรติเท่าที่ควร และเขียนสาสน์อย่างไม่เคารพพระเจ้าซ็อนโจ ให้ร่วมมือกันบุกยึดจีน

การกระทำของโทโยโตมิสร้างความแปลงประหลาดใจและความสงสัยให้กัยโชซ็อนอย่างมาก และไม่เชื่อว่าญี่ปุ่นจะมีความสามารถทำอะไรจีนราชวงศ์หมิงได้ ทูตฝ่ายตะวันตกรายงานว่าโทโยโตมิสะสมกำลังกองทัพไว้ขนาดใหญ่มาก แต่ทูตฝ่ายตะวันออกกลับบอกว่ากองทัพนี้เอาไว้รบกับไดเมียวอื่นๆในญี่ปุ่น พระเจ้าซ็อนโจทรงเชื่อฝ่ายตะวันออก และทรงละเลยความเป็นไปได้ของภัยคุกคามจากญี่ปุ่น

เมื่อไม่ได้รับการตอบรับ ใน พ.ศ. 2134 โทโยโตมิจึงส่งสาสน์มาว่าจะยกทัพผ่านโชซ็อนไปจีน ทำให้ในที่สุดฝ่ายโชซ็อนจึงรู้ถึงสงครามที่กำลังจะเกิด จึงเร่งเตรียมกำลังทัพ แต่ไม่ทันเพราะปีถัดมา พ.ศ. 2135 โคะนิชิ ยุกินะกะ ยกทัพเรือบุกเผ่าเมืองท่าต่างๆทางตอนใต้และยกพลขึ้นบกได้ วันต่อมาคะโต คิโยะมะสะ ก็ตามมาเอาชนะแม่ทัพ ลีอิล ที่ซังจูและชุงจู และรุกคืบหาเมืองฮันซองอย่างรวดเร็ว

พระเจ้าซ็อนโจเมื่อกลับมาก็พบว่าวังของพระองค์เหลือแต่เถ้าถ่าน จึงสร้างพระราชวังใหม่ชื่อว่า พระราชวังต๊อกซู (ต๊อกซูกุง) ยูซอง-ลยอง เสนอว่าโชซ็อนควรจะรับปืนมาใช้ และปรับปรุงกองทัพรวมทั้งเกณฑ์ไพร่พลทุกชนชั้นตั้งแต่ยังบันถึงชอนมิน พ.ศ. 2140 การเจรจาระหว่างจีนและญี่ปุ่นไม่เป็นผล ญี่ปุ่นจึงบุกโชซ็อนอีกครั้งแต่ไม่ง่ายเหมือนคราวก่อน ยึดได้แต่แคว้นเคียงซังและจอลลาทางใต้ ญี่ปุ่นยังวางแผนกำจัดลีซุนชินโดยการหลอกว่าจะส่งทัพเรือมาบุกฮันซองทางทะเล แต่ลีซุนชินไม่เชื่อว่าจะมาได้เพราะผิดหลักยุทธศาสตร์ แต่พระเจ้าซ็อนโจทรงเห็นว่าลีซุนชินขัดพระราชโองการจึงรับสั่งให้จับเข้าคุก เมื่อไม่มีลีซุนชอนโชซ็อนจึงพ่ายแพ้ยับเยินที่ชิลชอน-นยาง จึงปล่อยตัวลีซุนชินและสามารถเอาชนะญี่ปุ่นที่เมียงนัง

ใน พ.ศ. 2141 โทโยโตมิเสียชีวิต ได้สั่งเสียให้ถอนทัพจากโชซ็อน ทัพญี่ปุ่นจึงถอยกลับ ก่อนกลับยังพ่ายแพ้โชซ็อนอีกที่โน-นยาง แต่ลีซุนชินเสียชีวิตในการรบ เป็นอันสิ้นสุดสงครามเจ็ดปี หรือสงครามอิมิจิน